为保障论文查重与学术研究的独立性，首先应确保研究者具备独立思考和创新能力，杜绝抄袭和剽窃行为。其次，加强学术道德建设，提倡诚信守则，严格执行学术规范。另外，建立严格的学术评审制度，确保评审过程公正透明。同时，加强学术监督，对违反学术规范的行为进行严肃处理，维护学术研究的独立性和公正性。

在保障论文查重与学术研究的独立性方面，还可以采取多种措施。例如，建立学术诚信数据库，记录学术不端行为，提高学者的诚信意识。加强学术交流与合作，促进学术研究的多元化和开放性。同时，加强学术期刊的管理，确保学术成果的真实性和独立性。此外，加强学术评价体系的建设，注重对学术贡献和研究创新的评价，激励学者独立思考和创新研究。